น็อยเออร์เกิดที่เก็ลเซินเคียร์เชิน รัฐนอร์ทไรน์-เวสต์ฟาเลีย ประเทศเยอรมนี เขาเข้าศึกษาที่เกซัมท์ชูเล เบอร์เกอร์ เฟลด์ ในเมืองบ้านเกิด ตามวิถีนักฟุตบอลทั่วไป มาร์เซล พี่ชายของเขา เป็นกรรมการผู้ตัดสินในเวอร์บันด์สลีกา[40] เขาได้รับลูกฟุตบอลลูกแรกเมื่ออายุได้ 2 ขวบ ลงแข่งเป็นครั้งแรกในวันที่ 3 มีนาคม 1991 หรือ 24วันก่อนวันเกิดปีที่5ของเขา[41] ฮีโร่และไอดอลของน็อยเออร์คือ เยนส์ เลห์มันน์ ผู้รักษาประตูจากสโมสรชัลเคอ 04[42]

น็อยเออร์นับถือศาสนาคริสต์ นิกายคาธอลิก เขาสนับสนุนกลุ่มคาธอลิกในการช่วยเหลือเด็กๆที่ขาดแคลนอาหาร รวมถึงสโมสรเยาวชนในเก็ลเซินเคียร์เชิน ซึ่งจัดตั้งและดำเนินการโดยอมิโกเนียน[43]

น็อยเออร์เป็นผู้ริเริ่มจัดตั้งมูลนิธิเด็ก มานูเอ็ล น็อยเออร์[44] ในเดือนพฤศจิกายน 2011 เขาได้รับเงินบริจาคถึง 500,000ยูโร จากรายการฮูวอนส์ทูบีอะมิลเลียนแนร์?เวอร์ชันเยอรมนี[45]

น็อยเออร์เป็นผู้ให้เสียงแฟรงก์ แมคเคย์ ในภาพยนตร์ของดิสนีย์ มหา'ลัย มอนส์เตอร์ ฉบับภาษาเยอรมัน[46]